Pada awalnya pesantren hanya membuka pengajian salaf, namun dalam perkembangannya, pesantren munjul membuka pula pendidikan formal. Pada tahun 1947, Pondok Pesantren Nurul Huda mendirikan lembaga pendidikan formal yaitu Madrasah Ibtidaiyah Nurul Huda di bawah naungan Departemen Agama. Pada tahun 1981 berdiri Yayasan Nurul Huda dengan Akta Notaris Ny. Morini Basuki SH. Nomor 73 tanggal 26 Februari 1981 yang mengelola pendidikan formal Madrasah Tsanawiyah Nurul Huda sejak tahun 1983, dan tahun 1986 didirikan Madrasah Aliyah Nurul Huda.